Der Beginn der Inquisition
Im 12. Jahrhundert arbeiteten die scholastischen Theologen intensiv an der Vervollkommnung der kirchlichen Dogmatik, so daß für abweichende Meinungen der Spielraum immer enger wurde. Kaum ein Laienprediger konnte es sich noch erlauben, inhaltliche Aussagen zu zentralen Fragen des Christentums zu machen, ohne der Häresie verdächtigt zu werden. Und wer der Häresie angeklagt war, mußte ernstlich um Leib und Leben fürchten.
Im Jahre 1160 begann der Lyoner Kaufmann Petrus Waldes sein Leben als Wanderprediger zu führen, er ließ seine Geschäfte zurück und predigte den Menschen die apostolische Armut in der Nachfolge Christi. In der Zeit um 1100 war das Auftreten von Wanderpredigern keine Seltenheit, jedoch Petrus Waldes geriet - anders als ähnliche Laienprediger - sehr schnell in den Verdacht der Ketzerei. Er kritisierte vor allem den ungeistlichen Lebenswandel der Kleriker und die Lehrautorität der Kirche. Seine Anhänger und er wurden in die Nähe einer anderen häretischen Bewegung gebracht, die sich seit Mitte des 12. Jahrhunderts in Oberitalien und Süditalien ausgebreitet hatte, den Katharern (von griech.: katharos, rein), von deren Namen sich das deutsche Wort Ketzer ableitet.
Die Katharer verwarfen nicht nur die Sakramente und die Hierarchie der Kirche, sondern verbreiteten eine dualistische Weltanschauung (ständiger Kampf des Bösen gegen das Gute, Trennung in Vollkommene (perfecti) und Gläubige (credentes). Mit den Anhängern des Petrus Waldes, den Waldensern, verband die Katharer jedoch die Ablehnung des Eides, der Todesstrafe, des Kriegsdiensts und des Kirchenzehnten. Während die Katharer vor allem unter der Landbevölkerung und dem Kleinadel des Languedoc Rückhalt fanden und daher nach dem dortigen Mittelpunkt Albi auch Albigenser genannt wurden, lagen die Schwerpunkte der waldensischen Bewegung im Rhônetal, in Oberitalien, Flandern und dem Rheintal, also in den wirtschaftlich am weitesten entwickeltenj Gebieten des damaligen Europas.
Papst Innozenz III. ermahnte seit 1198 immer wieder die südfranzösischen Territorialherren, die im Bann befindlichen Ketzer auszuweisen und ihre Güter zu konfiszieren. Dabei war es vor allem Graf Raimund IV. von Toulouse, der sich den päpstlichen Forderungen entgegenstellte. Als der päpstliche Legat daraufhin den Grafen bannte, wurde er 1208 von einem Ministerialen Graf Raimunds ermordet. Dies nahm Innozenz III. zum Anlaß, den Ketzerkrieg gegen Toulouse zu eröffnen. Obwohl Phillipp II., der gerade mit König Johann Ohneland einen schweren militärischen Konflikt um die englischen Festlandsbesitzungen austrug, sich zurückhielt, fand ein förmlicher Kreuzzugsaufruf des Papstes gegen die Katharer im Norden Frankreichs starken Widerhall, so daß bald ein Kreuzfahrerheer unter Führung des Abtes von Cîteaux in das Languedoc vordrang. Da Graf Raimund, um sein Land zu erhalten, nun selbst das Kreuz genommen hatte, wandte sich der Kreuzzug gegen den Vizegrafen von Béziers und Carcassonne.
Eine neue Phase des Krieges begann, als das Kreuzfahrerheer von dem Normannen Simon de Montfort übernommen wurde, der sich selbst die Herrschaft über den Süden Frankreichs verschaffen wollte, indem er nun auch unmittelbar den Kampf gegen den Grafen Raimund eröffnete. Damit entwickelte sich der Ketzerkrieg zu einem reinen Machtkampf um die Herrschaft im Languedoc, der Bald der päpstlichen Kontrolle völlig entglitt. Zwar gelang es Simon vorübergehend, den Grafen aus seinem Lande zu vertreiben, doch konnte er am Ende seine hochgesteckten Ziele nicht verwirklichen. Erst ein weiterer Kreuzzug unter der Führung des französischen Königs Louis VIII. (1226) führte zur Unterwerfung des Südens unter die Herrschaft der Krone Frankreichs (1229).
Im Zuge der Armutsbewegung der Dominikaner und Franziskaner begannen die Katharer an Bedeutung zu verlieren; kleinere Gruppen hielten sich in Südfrankreich und Süditalien noch bis 1330 bzw. 1412. Die französischen Waldenser verschwanden im 14. Jahrhundert.
Eine besondere Rolle im Zuge der Ketzerbekämpfung kam der Inquisition (lat.: Befragung) zu: Die Kirche bediente sich beim Vorgehen gegen die Anhänger der vermeintlichen Irrlehren diesen Verfahrens, um einerseits Ihren Autoritätsanspruch außer Frage zu stellen, andererseits ging es der Kirche auch um die Verfolgung wirtschaftlicher und politischer Interessen (z. B. Die Auflösung der Templerordens 1307/12).
Während noch in der älteren Kirchentradition die Auffassung vertreten worden war, daß gegen die Verbreitung von Häresie nicht mit Gewalt, sondern mit Predigt und Kirchenstrafen vorzugehen sein, führte seit dem endenden Hochmittelalter die Bedrohung der Kirche durch große Ketzerbewegungen im Einvernehmen mit der weltlichen Obrigkeit zu einer zunehmenden Kriminalisierung der Ketzerei mit entsprechender Verschärfung der Strafen, die nun von der Vermögenskonfiskation über Kerkerhaft bis zum Tod auf dem Scheiterhaufen reichten.
Zuständig für die Strafverfolgung waren noch bis ins 13. Jahrhundert hinein die Bischofsgerichte. Unter Papst Gregor IX. (1227-41) wurde jedoch die Inquisition zum spezifischen Instrument der Ketzerbekämpfung, als der Papst dazu überging, besondere, mit Spezialvollmachten ausgestattete Inquisitoren - meist Angehörige des Dominikanerordens (Domini canes - Die Hunde des Herren) - mit dieser Aufgabe zu betrauen, wobei diese Inquisitoren bald neben dem Ankläger- auch das Richteramt in ihrer Person vereinigten. Die Rechtsstellung des Beschuldigten innerhalb dieses Verfahrens war denkbar ungünstig, da seine Verteidigungsmöglichkeiten äußerst beschränkt waren und er beim Vorliegen von Verdachtsmomenten durch die Folter (zugelassen 1352 von Innozenz VI.) zum Geständnis gezwungen werden konnte.
Da die Kirche selbst es ablehnte, Blut zu vergießen, wurde der Delinquent der weltlichen Obrigkeit zum Vollzug des Todesurteils überantwortet. Für Deutschland erlangte die Inquisition bereits im frühen 13. Jahrhundert mit dem Wüten des berüchtigten Konrad von Marburg, der 1233 von aufgebrachten Adligen ermordet wurde, traurige Berühmtheit; im Gegensatz zu den südlichen Ländern setzte sie sich hier jedoch erst im 15. Jahrhundert, in den Hexenprozessen, endgültig durch.